医学图书馆馆舍面积为10200平方米，提供阅览座位1000余个。藏书以生物及医药卫生类为主，截止到2003年，共有各类藏书38万余册。图书馆收藏有中外文纸本期刊近4000种，其中中外文现刊1200余种。目前我馆有电子期刊2000余种。为方便读者，除特藏书外，各阅览室和书库均实行全方位的开架服务。除书本式藏书外，图书馆还收藏有其它多种类型载体的文献资料，如磁带、录象带、缩微平片、多媒体光盘等。近年来不断引进多种光盘数据库及网上数据库供读者检索使用。
医学图书馆文献资源与北京大学各附属医院图书馆文献资源协调配套，共同形成全校医、教、研工作所需的医药卫生文献保障系统。图书馆特藏有珍、善本古代图书，其中有中国大陆唯一珍善本——手抄本《太平圣惠方》一部十函共100卷100册。
图书馆现设有馆长室、办公室、采访编目部、自动化部、图书流通部、期刊流通部及信息咨询部。
自1993年起，图书馆各项工作全面实行计算机自动化管理。
1985年，国家教育部在医学部建立了全国唯一的医学外国教材中心。该中心设在图书馆。中心积极引进国外优秀医学教材和教学参考书，为全国医学教材的研究与发展提供文献信息保障。
1991年被卫生部确定为文献资源共享网络系统华北地区中心馆。
1993年被卫生部医学情报工作管理委员会确认为科研成果查新定点单位（北京大学医学信息咨询中心）。
1998年教育部决定在北京大学医学部设立中国高等教育文献保障系统（CALIS）全国医学文献信息中心，作为“211工程”医药重点学科所需文献的保障基地。该中心也设在本馆。
如今由于书库过于庞大，采购查重问题成为了一难题，目前以和北京顶航科技有限公司进行合作，通过双方的联合测试，本公司提供的图书查重盘点管理系统完全符合北京大学图书馆的要求，解决了图书采购查重的难题。
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